Allel Sayılarının ve Allel Frekanslarının Heterozigotluk ve Polimorfizm Bilgi İçeriği Üzerine Etkilerinin Değerlendirilmesi

Abstract

Amaç: Bu makalenin amacı heterozigotluk ve polimorfizm bilgi içeriği değerlerinin potansiyel yararlılığını gözden geçirmek ve değerlendirmek, allel sayılarının ve allel frekanslarının heterozigotluk ve polimorfizm bilgi içeriği değerlerine etkilerini incelemektir. Gereç ve Yöntemler: Polimorfizm derecesi genellikle iki farklı nicelik kullanılarak ölçülür. Bunlardan biri, rasgele seçilen herhangi bir bireyin heterozigot olma olasılığı olarak bilinen heterozigotluk değeri, diğeri ise belirteçin polimorfizmi ayırt edici gücünün bir tahmini olan polimorfizm bilgi içerik değeridir. Polimorfizm bilgi içerik değerleri döllenme türüne, organizmanın allel frekansının sayısına ve sıklığına bağlıdır. Mikrosatelit lokusta yer alan allel sayısındaki artış, gerek heterozigotluk gerekse polimorfizm bilgi içerik değerlerinde bir artışa neden olmaktadır. Bulgular: Heterozigotluk ve polimorfizm bilgi içeriği değerleri, allel sayısı 20 ve her bir göreceli allel frekans 0,05 olduğunda optimal değerlere ulaşmaktadır. Polimorfizm bilgi içerik değeri daima heterozigotluk değerinden daha düşüktür. Dolayısıyla, kısmen bilgilendirici eşleşmeler için polimorfizm bilgi içerik değeri, düzeltilmiş heterozigotluk değeri olarak da düşünülebilir. Sonuç: Tüm örneklerin sınıflandırılmasında gerekli olan belirteç sayısının belirlenememesinden dolayı yapılacak deneylerde kullanılacak belirteçler, yalnızca polimorfizm bilgi içeriğine dayalı olarak seçilmelidir. Genel olarak tavsiye edilen, daha fazla sayıda polimorfizm veya yüksek polimorfizm bilgi içerik değeri olan belirteçlerin kullanılmasıdır. Bununla birlikte, deneme başına kullanılacak belirteç sayısı polimorfizm bilgi içeriği değerlerinden yararlanılarak belirlenemez. Polimorfizm bilgi içerik değeri, bir belirtecin bilgiselliğini iyi bir şekilde tahmin etse de, yalnızca özel bir belirtece işaret eder.

Objective: The purpose of this article is to review and to evaluate the potential usefulness of heterozygosity and polymorphism information content (PIC) values, also examine the effects of allele numbers and allele frequencies on heterozygosity and PIC values. Material and Methods: Quantitatively, the degree of polymorphism is commonly measured by two distinct quantities. One is known as heterozygosity, the probability that any randomly chosen individual is heterozygous. Another measure of polymorphism is the PIC value, which is an estimate of the discriminatory power of the polymorphism of the marker. The PIC values depending on the type of fertilization, the number and frequency of the allele frequency of the organism. The increase in the number of alleles per microsatellite locus translates into an increase in the PIC. Results: The heterozygosity and PIC values are reached the optimum values when the allele number is 20, and the each relative allele frequency is 0.05. PIC always be lower than the heterozygosity and can be considered to be the heterozygosity corrected for partially informative matings. Conclusion: Should markers for future experiments be chosen based only on PIC, the necessary number of markers for discrimination of all samples cannot be determined. The general recommendation is to run more markers with greater numbers of polymorphism or high PIC values. However, no specific number of markers to run per experiment can be extracted from PIC values. Although PIC value gives a good estimation of the informativeness of a marker, the PIC value only refers to a particular marker.